הסימפטומים משתנים מאוד מאדם לאדם, ותלויים בעובדה אם דרכי השתן התחתונות בלבד הודבקו, או דרכי השתן התחתונות והעליונות. כאשר הזיהום הוא בדרכי השתן התחתונות, קיימת תחושת צריבה בעת ריקון השלפוחית, או דחף חזק להטיל שתן. השתן עשוי להיות עכור, או בעל ריח חריף. כאשר גם השלפוחית מושפעת, התופעה ידועה כדלקת שלפוחית השתן (דלקת מתונה אך בלתי נעימה). כאשר יש זיהום בדרכי השתן העליונות, הסימפטומים עשויים להיות זהים, אולם בנוסף עשויים להיות כאב בגב התחתון, חום ורעידות, ובמקרים קיצוניים המצב עלול לחייב אשפוז. הטיפול הרפואי תלוי בגורמים ובנסיבות המדויקים של המחלה; פציינטים מגיבים לרוב מהר לטיפול אנטיביוטי.